Tahun 1966 cikal bakal Perusahaan ini dibentuk dari gabungan tiga unit usaha milik Pemprov DKI Jakarta, yaitu Jawatan Kehewanan DKI Jakarta yang mengelola Rumah Pemotongan Hewan (RPH) di DKI Jakarta; PN Perhewani Unit Yojana yang bergerak dalam pengelolaan pabrik corned beef, pabrik kaleng, kamar pendingin, pabrik es, percetakan, pergudangan dan perbengkelan; kemudian PKD Jaya Niaga dan Niaga Jaya yang mengelola peternakan sapi, perkebunan dan pergudangan. Disahkan dengan Surat Keputusan Gubernur Kepala Daerah Khusus Ibukota Jakarta Nomor: Ib.3/2/17/1966 tanggal 24 Desember 1966 dan Keputusan Menteri Dalam Negeri Nomor 78 Tahun 1971 pada tanggal 2 Agustus 1971. Pendirian perusahaan ini diperkokoh dengan diterbitkannya Peraturan Daerah (Perda) Nomor 5 Tahun 1985 tentang PD Dharma Jaya.​

Awal pendirian hingga tahun 2001, fokus kegiatan usaha PD Dharma Jaya lebih kepada jasa Rumah Pemotongan Hewan (RPH). Seiring perjalanan, fokus kegiatan usaha berubah, yakni sektor perdagangan sebagai bisnis inti, sedangkan jasa RPH sebagai bisnis penunjang. Dalam perjalanannya beberapa kegiatan usaha yang tidak efisien seperti pabrik corned beef, pabrik kaleng, pabrik es, percetakan, pergudangan dan perbengkelan dilikuidasi.

Pada 23 November 2021, status hukum perusahaan telah resmi diubah dari Perusahaan Daerah (PD) menjadi Perusahaan Umum Daerah (Perumda). Perubahan status hukum ini telah disetujui dalam rapat Paripurna DPRD DKI yang dituangkan dalam Peraturan Daerah (Perda) DKI Jakarta Nomor 2 tahun 2021 tentang Perubahan Bentuk Hukum Perusahaan Daerah Dharma Jaya Menjadi Perusahaan Umum Daerah Dharma Jaya.

Perubahan status hukum ini membuat Perumda Dharma Jaya mulai melakukan transformasi bisnis inti yang lebih fokus pada peningkatan bisnis komersial tetapi tak melupakan penugasan yang merupakan bagian untuk menangani distribusi produk protein hewani bersubsidi kepada para masyarakat penerima manfaat melalui program Pemprov DKI Jakarta. Dalam menjalankan transformasi bisnis inti, Perumda Dharma Jaya menerapkan empat unit bisnis yang saling melengkapi, yakni Unit Bisnis Logistik, Unit Bisnis Protein Swalayan, Unit Bisnis Penggemukkan (Fattening) dan Unit Bisnis Rumah Potong Hewan (RPH).